Su padre, Francisco Calderón, apoyó el golpe patriota del 10 de agosto de 1809, por lo que fue apresado y enviado a Guayaquil y luego a Cuenca y Machala. Liberado al establecerse la Junta Superior de Gobierno de 1810, se incorporó al ejército patriota del Estado de Quito con el grado de coronel. Como tal participó en toda la campaña de 1811 a 1812, militando en el bando de los sanchistas o radicales. Tras la derrota final del ejército patriota, luego del Combate de El Panecillo su padre fue fusilado en Ibarra el primero de diciembre de 1812. Su último deseo fue que se le quitara la venda de los ojos y le fuera entregado a su hijo Abdón su escapulario que fue propiedad del gran prócer quiteño Eugenio Espejo. Toda esta experiencia que tuvo su padre marcaría profundamente la vida y muerte de Abdón.
Como los bienes del coronel Calderón fue confiscados por el gobierno colonial español, su madre murió en Guayaquil en 1813 en la pobreza. Allí Abdón continuó sus estudios, contando entre sus maestros a Vicente Rocafuerte, su pariente lejano, futuro presidente del Ecuador, quien en1842 habría de contraer matrimonio con Baltazara Calderón, hermana menor de Abdón, nacida en Cuenca en 1806.
